kamus kimia mau???
download disini klik yah,,,,hahaha
download disini klik yah,,,,hahaha
Selasa, 03 Januari 2012
Subhanallah (سبحان لله), Keagungan Allah dengan segala ciptaa-Nya, Sadar atau tidak Keagungan Allah selaman ini berada disekiling kita, contohnya garam dapur (NaCl) senyawa yang terdiri dari unsur-unsur yang berbahaya tetapi saat berikatan menjadi senyawa menjadi hal yang dibutuhkan bagi manusia, contoh lainnya air,
Tidak ada yang Allah ciptakan sia-sia,,,,,,,,,,,,(to be continue,,)
sintesis obat
kimia komputasi sangat menunjang dan mendukung dalam hal sintesis suatu senyawa, diantaranya sintesis obat..
sintesis obat yang menyenangkan bukan,,,hehehehee ;-)
KIMIA KOMPUTASI
Pengertian Kimia Komputasi
Kimia komputasi adalah salah satu cabang dari suatu disiplin ilmu kimia yang menggunakan teori dan praktek yang kemudian diterjemahkan kedalam sebuah program komputer untuk mempermudah dan membvantu dalam hal simulasi dan pembuktian ataupun penemuan suatu teori bahkan sintesis suatu senyawa dengan perhitungan yang lebih akurat dan tepat.
Kimia komputasi adalah cabang kimia yang menggunakan hasil kimia teori yang diterjemahkan ke dalam program komputer
untuk menghitung sifat-sifat molekul dan perubahannya maupun melakukan
simulasi terhadap sistem-sistem besar (makromolekul seperti protein
atau sistem banyak molekul seperti gas, cairan, padatan, dan kristal
cair), dan menerapkan program tersebut pada sistem kimia nyata. Contoh
sifat-sifat molekul yang dihitung antara lain struktur (yaitu letak
atom-atom penyusunnya), energi dan selisih energi, muatan, momen dipol,
kereaktifan, frekuensi getaran dan besaran spektroskopi lainnya.
Simulasi terhadap makromolekul (seperti protein dan asam nukleat) dan
sistem besar bisa mencakup kajian konformasi molekul dan perubahannya
(mis. proses denaturasi protein), perubahan fasa, serta peramalan
sifat-sifat makroskopik (seperti kalor jenis) berdasarkan perilaku di
tingkat atom dan molekul. Istilah kimia komputasi kadang-kadang digunakan juga untuk bidang-bidang tumpang-tindah antara ilmu komputer dan kimia.(http://id.wikipedia.org/wiki/Kimia_komputasi)
- Kajian komputasi dapat dilakukan untuk menemukan titik awal untuk sintesis dalam laboratorium.
- Kajian komputasi dapat digunakan untuk menjelajahi mekanisme reaksi dan menjelaskan pengamatan pada reaksi di laboratorium.
- Kajian komputasi dapat digunakan untuk memahami sifat dan perubahan pada sistem makroskopis melalui simulasi yang berlandaskan hukum-hukum interaksi yang ada dalam sistem.
dengan berkembangnya kimia komputasi mempermudah para ilmuwan dan analis kimia dalam penelitian mereka
Link yang berkaitan dengan materi Computational Chemistry (Kimia Komputasi)
 |
| gambar |
Istilah-istilah pada kimia komputasi 1
Istilah-istilah pada kimia komputasi 1
- Molecular modeling merupakan suatu metode untuk merancang dan menganalisis struktur dan sifat-sifat molekul tertentu dengan mengunakan teknik kimia komputasional dan teknik visualisasi grafis yang bertujuan untuk menyediakan struktur geometri tiga dimensi yang sesuai dengan parameter kondisi yang telah ditentukan. (Leach, 2001).
- Molecular docking merupakan suatu teknik yang digunakan untuk mempelajari interaksi yang terjadi dari suatu kompleks molekul. Molecular docking dapat memprediksikan orientasi dari suatu molekul ke molekul yang lain ketika berikatan membentuk kompleks yang stabil. (Funkhouser, 2007).
- Molecular Operating Environment (MOE) dikembangkan Chemical Computing Group (www.chemcomp.com). MOE selain menawarkan fasilitas yang cukup lengkap juga user-friendly sehingga cocok digunakan dalam pembelajaran. Hanya saja aplikasi kimia komputasi yang user-friendly biasanya mahal sehingga alasan efisiensi biaya tidak lagi relevan.
- OV (Orbital Viewer) adalah perangkat lunak gratis untuk menggambarkan orbital atom dan molekul, membuat animasi maupun untuk melihat penampang lintang (struktur dalam) orbital. Dapat pula dibuat gambar 3D (yang dapat dilihat dengan kacamata 3D sperti yang digunakan untuk melihat sinetron 3D). (Modul Struktur dan Kereaktifan Kimia Anorganik, Dr. Ismunandar)
- ab initio berasal dari bahasa latin yang diberikan untuk menandai perhitungan yang diturunkan secara langsung dari prinsip-prinsip teoritis, tanpa memasukkan data eksperimen. Ab initio mengacu pada perhitungan mekanika kuantum melalui beberapa pendekatan matematis, seperti penggunaan persamaan yang disederhanakan (Born Oppenheimer approximation) atau pendekatan untuk penyelesaian persamaan differensial. (PENGANTAR KIMIA KOMPUTASI, Dr. Harno Dwi Pranowo, M.Si)
- Kimia kuantum adalah sebuah aplikasi mekanika kuantum pada kimia. Kimia kuantum memungkinkan kita untuk memahami dan memprediksi struktur, sifat dan mekanisme reaksi dari berbagai bahan.
- BS (Balls & Sticks) adalah perangkat lunak gratis untuk menggambarkan struktur kimia, terutama kristal, dalam 3D dan dapat menghasilkan gambar bitmap yang dapat disalin ke clipboard dan ditempelkan (paste) di dokumen pengolah kata (Word misalnya).
Analisa dengan Hyperchem (Pemodelan Molekul Organik)
Dr.
Harno Dwi Prnowo, M.Si.
Pusat
Kimia Komputasi Indonesia Austria, FMIPA UGM Yogyakarta
Pemodelan molekul etana/butana dan konformasinya.
1.
Masuk ke program Hyperchem.
2.
Menampilkan tabel periodik dari menu Build - Default Elemen.
3.
Menggambar molekul etana/butana, kemudian di-model build pada menu Build.
4.
Konformasi yang berbeda dari etana/butana diperoleh
dengan memvariasi sudut torsi antara empat atom, dilakukan dengan men-set torsi
empat atom yang sudah dipilih. Memasukkan sudut (1200) pada set torsion dalam menu Edit dan constrain torsion pada
menu Build.
5.
Hasil variasi sudut torsi akan memberikan struktur dengan
simetri yang berbeda. Untuk etana diperoleh dua struktur yaitu struktur stagger
(bersilang) dan struktur eklips. Untuk butana diperoleh empat struktur yaitu
struktur anti, struktur gauss, struktur eklips dan struktur metil eklips
1.
Masing-masing struktur disimpan sebagai file.hin sendiri,
untuk dilakukan kalkulasi energi sistem.
2.
Kalkulasi dilakukan dengan metode ab initio, pilih pada
menu Setup dengan basis set 6-31G*.
3.
Dihitung energinya dengan kalkulasi single point pada menu Compute,
untuk optimasi geometri dikalkulasi dengan Geometry
Optimization sampai diperoleh konvergensinya.
4.
Start
log pada menu File
dan disimpan sebagai file.log, kemudian dilakukan kalkulasi single point, setelah konvergensi
diperoleh di-stop log.
5.
Membuka file.log untuk melihat energi hasil perhitungan
dan dibandingkan untuk masing-masing struktur
Catatan : Pemodelan molekul dan konformasinya ini dapat diterapkan juga
pada cis-trans sikloheksana dari konromasi kursi sampai konformasi perahu.
Penentuan struktur ortho, meta atau para pada bensen
tersubstitusi (Phenol)
1.
Masuk program Hyperchem.
2. Lakukan substitusi elektrofilik (CH3+,
NO2+, SO3H+) pada posisi ortho,
meta dan para. Masing-masing struktur hasil substitusi disimpan sebagai
file.hin tersendiri.
3. Lakukan perhitungan menggunakan metode ab initio dengan
basis set 6-31G**, baik menggunakan single
point atau optimasi geometri.
4. Hasil
perhitungan disimpan dalam file.log untuk mengetahui energi, transfer muatan,
dan muatan atom.Analisa dengan Hyperchem (Stabilitas dan Struktur Karbokation Benzil dan Alil)
Tujuan
Menyelidiki stabilitas karbokation
benzil dan alil menggunakan perhitungan semi empiris AM1.
Latar
belakang
Karbokation alil dan benzil
merupakan zat antara yang khusus karena mempunyai kestabilan yang sangat
tinggi. Mereka sering kali dilihat sebagai thermodynamic
sinks dalam kenampakan frakmentasi spectra massa. Karbokation ini dan
turunan mereka telah dikarakterisasi secara luas dengan spektroskopi NMR dalam
kondisi superasam. Stabilitas yang tinggi dari karbokation ini dicirikan pada
pemberian elektron ke dalam orbital p kosong pada pusat karbokation yaitu
melalui stabilitas resonansi. Hal ini memberikan akibat bahwa semua elektron
(juga muatan positif) dari kation alil dan benzil terdelokal secara signifikan.
Dalam rangka mendapatkan kondisi tersebut, kation harus berada pada geometri
planar untuk dapat memungkinkan tumpang tindih orbital p kosong dengan sistem
elektron terkonjugasi.
Dalam percobaan ini, perhitungan
semi empiris AM1 digunakan untuk menguji geometri dan distribusi muatan dari
karbokation. Setelah perhitungan panas pembentukan (ΔHf) untuk
setiap kation, perbedaan bentuk planar dan bentuk saling tegak lurus akan
ditentukan. Perbedaan pada harga ΔHf dapat digunakan untuk mengukur
tambahan stabiltas yang disebabkan oleh delokalisasi electron.
Prosedur
Langkah
pertama adalah menggambarkan kation dalam bentuk planar dan saling tegak lurus
dan menghitung panas pembentukannya. Setelah dilakukan minimisasi energy, akan
sangat berguna untuk mengkaji muatan atom yang terdapat pada setiap atom C
untuk menentukan ke mana muatan positif didistribusikan.
Catatan:
Anda memerlukan file Start dan Stop Log
dan selanjutnya membuka file log dari percobaan ini. Jika Anda tidak yakin
bagaimana melakukan hal ini, lihat pada pendahuluan.
1.
Klik pada Build dan yakinkan bahwa Explicit
Hydrogen sedang aktif.
2. Gunakan
menu Draw dan gambarkan kation alil.
Jangan mengaktifkan Add H & Model
Build.
3.
Gunakan menu Draw untuk menambah atom hidrogen pada stuktur yang dibuat.
4. Klik
ganda pada kedua ikatan C-C sehingga akan muncul garis putus-putus yang
menunjukan bahwa ikatan terkonjugasi.
5. Klik
pada Build dan selanjutnya Model Build. Anda harus mendapatkan
struktur planar sempurna (Ingat, tidak ada hidrogen yang ditambahkan).
6. Gunakan
menu Select dan klik dan geser dari
C1 ke satu atom H pada C3. Anda harus mempunyai 4 atom terpilih (warna hijau).
7. Klik
pada Build dan selanjutnya Constrain Bond Torsion. Pilih Other dan atur sudut pada 90o
dan selanjutnya OK.
8. Matikan
fungsi pilihan untuk 4 atom dan klik pada Build
dan selanjutnya Model Build. Struktur
yang Anda peroleh adalah kation alil yang tegak lurus, yaitu CH2 terminal
terpilin tegak lurus pada ikatan rangkap dua.
9. Pilih
Setup, AM1 dan selanjutnya Options.
10. Pilih
Total Charge dan Spin Multiplicity keduanya dengan angka 1. Pilih OK dan
selanjutnya OK.
11. Pilih
Compute dan selanjutnya Geometry Optimization.
12. Jika
perhitungan telah selesai, catat panas pembentukan dan panjang ikatan dan
muatan atom pada lembar laporan. Untuk muatan atom, aktifkan menu Display, Labels dan selanjutnya Charge. Cetak struktur dengan muatan dan
lampirkan pada lembar laporan.
Prosedur umum di atas dapat
digunakan untuk memodelkan karbokation benzil tegak lurus. Lakukan klik ganda
pada cincin aromatis sehingga garis putus-putus akan muncul dalam cincin,
menunjukan ikatan konjugasi dalam cincin. Untuk menggambarkan karbokatian alil
dan benzil planar, Anda harus meniadakan langkah 6-8. Cetak setiap struktur
dengan muatan dan lampirkan pada laporan.
v�
� n t � ]
P[
'width:120.45pt;border-top:none;border-left:
none;border-bottom:solid windowtext 1.0pt;border-right:solid windowtext 1.0pt;
mso-border-top-alt:solid windowtext .5pt;mso-border-left-alt:solid windowtext .5pt;
mso-border-alt:solid windowtext .5pt;padding:0in 5.4pt 0in 5.4pt'>
1,85
D
Jarak
ikat O - H
0.958
Å
Jarak
ikat N - H
1.0124
Å
Sudut
ikat H-N-H
106.67o
Sudut
ikat H-O-H
104.45o
Energi
molekul
47992 kal/mol
III. Cara kerja
A.
Menghitung parameter molekul H2O
Untuk
memperoleh parameter molekul air ikuti langkah-langkah berikut :
1. Klik Build , Klik Default Elements,
pilih atom O dan klik.
2. Klik Build, Klik Add Hydrogen,
Klik Model Build.
3.
Klik
Setup, klik Semiempiris, Klik Metode :
Extended Hückel, Klik Options,
set Multiplicity = 1, Total Charge = 0.
4.
Klik
File, Klik Start log, tulis nama file = air.log (masukkan ke direktori kerja
anda).
5. Klik Compute, Klik Geometry Optimization,
set RMS : 0.0001 kcal/mol dan 5000 cycles. Klik Ok.
6. Klik File, Klik Stop log.
7. Buka Notepad dan Klik File, Klik Open dan buka file air.log.
8. 
Catatlah energi molekul dan momen
dipolnya.
Catatlah energi molekul dan momen
dipolnya.
9. Kembali ke windows Hyperchem. Klik
Select, Klik Atom. Klik . Klik atom H kemudian O dan dicatat jarak
ikatnya. Berikutnya Klik atom hidrogen satunya dan catat sudutnya.
10. Langkah 3 - 9 diulangi untuk metode
semiempiris yang lain.
B.
Menghitung parameter NH3
Langkah-langkah
yang dilakukan sama dengan A, tetapi elemen dipilih untuk molekul NH3.
C. Menghitung jarak ikatan hidrogen
antara NH3 dan H2O
Dari parameter yang diperoleh,
dipilih metode yang menghasilkan jarak ikatan yang mendekati eksperimen.
Kemudian anda mengulangi langkah A dan B dengan menggunakan metode semiempiris
yang telah terpilih. Simpanlah masing-masing file dengan air1.hin dan amo1.hin.
Kemudian anda sedang dalam keadaan membuka file amo1.hin. Klik Open, Klik Merge, Klik air1.hin. Klik Select,
Klik Molecules, Klik , Klik molekul air, jalan prosedur A(5).
Klik kanan mouse pada molekul air. Jalankan prosedur A(5). Klik Display, Klik Recompute H bond. Seleksilah atom yang berikatan hidrogen. Catat
jarak ikatannya.
Langganan:
Postingan (Atom)