Sabtu, 24 Desember 2011

Air

Anomali. Menurutmu apakah anomali itu? Dalam kamus besar bahasa indonesia, anomali diartikan sebagai ketidaknormalan, kelainan; penyimpangan dari normal; anomali juga bisa diartikan sebagai penyimpangan dari keseragaman sifat fisik. Contoh yang paling umum adalah anomali air. Ya, air adalah salah satu senyawa ‘aneh’ yang ada di muka bumi. Namun demikian, anomali atau keanehan air inilah yang menjadikannya menarik.
Di antara yang menarik dari air adalah proses pembekuannya. Zat-zat cair pada umumnya membeku mulai dari lapisan paling bawah lalu ke lapisan di atasnya. Tapi air membeku dari arah sebaliknya. Ini adalah salah satu sifat air yang ‘aneh’, akan tetapi sangatlah penting bagi keberadaan air di permukaan bumi. Jika air tidak membeku dari atas, dengan kata lain jika es tidak mengapung, maka banyak air di wilayah dingin di permukaan bumi yang akan menjadi es. Bila demikian, apakah yang akan terjadi? niscaya takkan ada lagi kehidupan di lautan, danau, kolam, dan sungai karena semuanya membeku menjadi es.
Marilah kita kaji lebih teliti untuk mengetahui mengapa demikian. Terdapat banyak tempat di bumi yang memiliki suhu di bawah o oC di musim dingin, bahkan jauh lebih dingin lagi. Cuaca dingin seperti ini tentunya berpengaruh pada air di laut, danau, dan lain sebagainya. Air ini semakin lama akan semakin dingin, dan sebagian darinya mulai membeku. Jika es tidak memiliki sifat sebagaimana biasanya (dengan kata lain jika es tidak mengapung), maka es ini akan tenggelam ke bagian dasar. Kemudian bagian air yang suhunya lebih hangat akan naik ke permukaan dan bersentuhan dengan udara di atasnya. Akan tetapi, suhu udara di atas permukaan air masih berada di bawah titik beku air, sehingga air yang berada permukaan ini akan membeku juga dan lantas tenggelam ke bagian dasar. Proses ini akan berlangsung terus menerus hingga keseluruhan air membeku.
Namun pada kenyataannya fenomena di atas tidak terjadi. Sebaliknya yang terjadi adalah: ketika suhu udara menjadi dingin, masa jenis atau kerapatan air menjadi semakin besar hingga suhunya mencapai 4 oC. Namun setelah mencapai titik ini, segala sesuatunya berubah tiba-tiba. Di bawah suhu ini, air mulai memuai dan kerapatannya menjadi semakin kecil. Akibatnya, air bersuhu 4 oC akan tetap berada di bagian paling bawah, air bersuhu 3 oC berada di atasnya, air bersuhu 2 oC di atasnya lagi, begitu seterusnya. Hanya di bagian permukaan sajalah suhu air mencapai 0 oC. Sehingga hanya bagian permukaan saja yang membeku, sedangkan lapisan air bersuhu 4 oC di bawahnya tetap berwujud cair, ini sudah cukup bagi hewan dan tumbuhan dalam air untuk tetap hidup. Apa yang akan terjadi bila air tidak memiliki sifat yang demikian ini dan berperilaku sebagaimana zat cair lain?
Anggaplah air semakin menjadi lebih padat seiring dengan suhunya yang semakin menurun, seperti halnya zat cair lain. Maka lapisan es yang terbentuk kemudian tenggelam ke bagian dasar. Apa yang akan terjadi? Pada keadaan ini, proses pembekuan di samudra dan lautan akan dimulai dari bagian dasar dan terus berlanjut hingga ke bagian paling permukaan. Hal ini terjadi karena tidak terdapat lapisan es di permukaan yang menutupi lapisan air di bawahnya, sehingga mencegah hilangnya panas dari air tersebut. Dengan kata lain, sebagian besar danau, lautan, dan samudra di bumi ini akan menjadi es padat yang di atasnya mungkin terdapat lapisan air berkedalaman hanya beberapa meter saja. Bahkan jika suhu udara ditingkatkan, es di bagian bawah tidak pernah mencair semuanya. Dalam keadaan demikian, kehidupan dalam air tidak dapat berlangsung, begitu pula dengan kehidupan di daratan. Dengan kata lain, jika air tidak ‘berperilaku aneh’ seperti ini, maka tidak akan ada kehidupan di bumi ini.
Mengapa air berperilaku anomali dan tidak seperti zat cair lainnya? mengapa air tiba-tiba saja memuai di bawah suhu 4 oC, padahal di atas suhu ini ia menyusut? Mungkinkah ini semua dikarenakan air itu sendirilah yang menghendaki anomali tersebut. Namun bukankah air adalah benda mati. Mungkinkah benda mati berkehendak atas dirinya sendiri?
Air hanyalah senyawa yang terdiri dari atom hidrogen dan oksigen yang tidak memiliki akal dan tidak mungkin berkehendak atas dirinya. Ini bukan pula kehendak manusia yang medisain air agar memiliki sifat anomali yang mendukung kelangsungan hidup mereka. Jika demikian, tentunya ada kehendak dan kecerdasan lain yang menciptakan air dan anomalinya yang indah ini, agar sesuai dengan kebutuhan seluruh makhluk hidup. Pencipta ini tiada lain adalah Allah, Tuhan Yang Maha Indah.
sumber : http://irfanchemist.wordpress.com/2009/02/27/air-dan-indahnya-anomali/
-Irfan Prabudiansyah di bawah langit-Nya-

link kimia komputasi

MarvinSketch

Digunaka untuk OS Windows, Linux, MacOS
     

    Banyak hal yang bisa dimanfaatkan dari MarvinSketch untuk pengajaran kimia. Gambar dan animasi molekul dapat dibuat dengan mudah. Selanjutnya dapat disisipkan dalam media pembelajaran kimia. Tutorial berupa video untuk mengefektifkan MarvinSkecth dapat dilihat atau diunduh dari sini. MarvinSketch adalah software kimia hanya untuk visualisasi rumus struktur kimia yang gratis, bisa dijalankan di sistem operasi Windows dan Linux juga MacOS. Mau mencicipinya silahkan unduh dari web ChemAxon ini.
     

kalzium


     
    Kalzium adalah nama sebuah software (open source software - OSS) yang memanfaatkan tabel periodik untuk mengeksplorasi setiap unsur. Tapi ternyata tidak sekedar tabel periodik biasa, lebih dari sekedar tabel periodik. Kalzium berasal dari bahasa Jerman dari kata kalsium. Saat ini Kalzium sampai di versi Hidrogen. Untuk diketahui semenjak Kalzium menjadi aplikasi standalone ia versinya akan dinamai dengan urutan nama unsur dalam tabel periodikTentu ini hanya merupakan alternatif dalam penggunaan media pembelajaran. Sampai saat ini Kalzium belum mendukung untuk sitem operasi Windows. Hanya bisa berjalan untuk sistem operasi Linux. Oleh karena itu di sarankan pengguna yang ingin mencobanya sebaiknya meningstall sistem operasi Linux, gratis dan halal. Silahkan pilih distro yang disukai.
(Platform: Linux)

silahkan download disini 
     

Poskan judul

  • Symyx Chime dan Symyx Draw (Platform: Windows dan MacOSX, Linux belum tersedia)

  • Sumber http://blog.goo.ne.jp/
    Kedua aplikasi ini gratis (no fee) siapapun boleh mengunduhnya dan memakainya secara cuma-cuma. Sebelum mengunduhnya diharuskan melakukan registrasi dengan mengisikan beberapa data yang empunya situs perlukan. Sayang untuk platform linux belum tersedia jadi mesti menggunakan Wine agar bisa menjalankannya di linux. Kedua software ini saling melengkapi sehingga kita bisa memanfaatkannya dalam program pengajaran di kelas untuk mata pelajaran kimia.
    Symyx Chime versi 2.6 SP8 berformat zip berukuran 3,9 MB. Chime merupakan plug-in yang secara interaktif menampilkan molekul 2D (dua dimensi) dan 3D (tiga dimensi) langsung di halaman Web. Kita juga dapat memutar, memformat, dan menyimpan molekul untuk digunakan dalam program lain.
    Symyx Draw versi 3.3 berukuran cukup besar dalam format zip (66 MB). Dengan aplikasi ini kita bisa menyisipkan model molekul yang kita buat ke dalam halaman situs, dokumen, spreadsheet maupun presentasi.

Molegro Molecular Viewer

  • Molegro Molecular Viewer 


  • Sumber http://ahsystemsgroup.com
    Aplikasi gratis dengan multiplatform yang digunakan untuk visualisasi molekul dalam format PDB, SDF, Mol2, dan MVDML. Fiturnya meliputi pembuatan molekul secara otomatis, visualisasi permukaan molekul dan backbone.
Ukuran file untuk windows sebesar 5,52 MB
Ukuran file untuk windows sebesar 9,41 MB
.
(Platform: Windows, Linux,dan Mac OS X)
Untuk file-file dengan ekstensi pdb, bisa dibuat sendiri dengan aplikasi di atas atau men-download-nya dari elchem.kaist.ac.kr. Model molekul yang tersedia di situs ini adalah molekul-molekul organik dari yang paling sederhana hingga yang cukup kompleks.
  • ACD/ChemSketch Freeware
  •  
      Bisa digunakan untuk OS Windows dan Linux
    Chemsketch adalah software grafis untuk menggambar hal yang ada hubungannya dengan kimia . Bisa menggambar secara manual atau menggunakan templet yang disediakan. Klik dan gambar molekul, ion, stereobonds, teks, poligon, panah, serta perlengkapan laboratorium, dll termasuk menentukan secara otomatis massa suatu atom atau molekul. Kita juga dapat memperkirakan densitas, indeks bias, volume molar, dll.  Selain itu dari ACDLabs juga menawarkan beberapa download gratis untuk utilitas yang dapat dipergunakan dalam ChemSketch sehingga lebih powerfull.
    Untuk dapat mendownload software ini diperlukan registrasi (sebentar hanya memasukan beberapa data alamat email dan lain-lain). Setelelah download lakukan instalasi sebagaimana biasa dan siap untuk digunakan.

Jmol

Bisa digunakan untuk Windows, Linux, Mac
Jmol ini gartis, merupakan penampil strukutur molekul tiga dimensi (molecule viewer) yang dapat digukan secara bebas oleh siapapun yang menekuni bidang kimia dan biokimia. Aplikasi ini merupakan cross-platform, berjalan di sistem operasi Windows, Mac OS X, dan Linux / Unix. Fitur yang dimilikinya di antaranya membaca berbagai jenis file dan output dari program kimia kuantum, dan animasi file multi-frame. JmolApplet adalah applet web browser yang dapat diintegrasikan ke dalam halaman situs. Aplikasi Jmol adalah aplikasi Java standalone yang berjalan di desktop. JmolViewer merupakan seperangkat alat yang dapat diintegrasikan ke dalam aplikasi Java lainnya.
Untuk menggunakannya silahkan download dan ekstrak file downlad-annya. Klik file Jmol.jar (di PC mestinya tersedia Javaruntime terlebih dahulu). Buka file yang support untuk dibuka dengan Jmol.

Software Kimia

Berikut adalah beberapa aplikasi yang bisa digunakan untuk mendukung pembelajaran kimia. Diberikan sedikit paparan dan tautan untuk menuju sumber utamanya sehingga bisa di-download di komputer. Banyaknya aplikasi visualisasi molekul ini tentu menjadikan kita punya banyak pilihan disesuaikan dengan kenyamanan masing-masing pengguna.
  • JMol (Platform : Windows, Linux, Mac)
  •  
    Jmol ini gartis, merupakan penampil strukutur molekul tiga dimensi (molecule viewer) yang dapat digukan secara bebas oleh siapapun yang menekuni bidang kimia dan biokimia. Aplikasi ini merupakan cross-platform, berjalan di sistem operasi Windows, Mac OS X, dan Linux / Unix. Fitur yang dimilikinya di antaranya membaca berbagai jenis file dan output dari program kimia kuantum, dan animasi file multi-frame. JmolApplet adalah applet web browser yang dapat diintegrasikan ke dalam halaman situs. Aplikasi Jmol adalah aplikasi Java standalone yang berjalan di desktop. JmolViewer merupakan seperangkat alat yang dapat diintegrasikan ke dalam aplikasi Java lainnya.
    Untuk menggunakannya silahkan download dan ekstrak file downlad-annya. Klik file Jmol.jar (di PC mestinya tersedia Javaruntime terlebih dahulu). Buka file yang support untuk dibuka dengan Jmol.
  • ACD/ChemSketch Freeware (Platform : Windows, Linux)
  •  
    Chemsketch adalah software grafis untuk menggambar hal yang ada hubungannya dengan kimia . Bisa menggambar secara manual atau menggunakan templet yang disediakan. Klik dan gambar molekul, ion, stereobonds, teks, poligon, panah, serta perlengkapan laboratorium, dll termasuk menentukan secara otomatis massa suatu atom atau molekul. Kita juga dapat memperkirakan densitas, indeks bias, volume molar, dll.  Selain itu dari ACDLabs juga menawarkan beberapa download gratis untuk utilitas yang dapat dipergunakan dalam ChemSketch sehingga lebih powerfull.
    Untuk dapat mendownload software ini diperlukan registrasi (sebentar hanya memasukan beberapa data alamat email dan lain-lain). Setelelah download lakukan instalasi sebagaimana biasa dan siap untuk digunakan.
  • Molegro Molecular Viewer (Platform: Windows, Linux, dan Mac OS X)

  • Sumber http://ahsystemsgroup.com
    Aplikasi gratis dengan multiplatform yang digunakan untuk visualisasi molekul dalam format PDB, SDF, Mol2, dan MVDML. Fiturnya meliputi pembuatan molekul secara otomatis, visualisasi permukaan molekul dan backbone.
Ukuran file untuk windows sebesar 5,52 MB
Ukuran file untuk windows sebesar 9,41 MB
.
Untuk file-file dengan ekstensi pdb, bisa dibuat sendiri dengan aplikasi di atas atau men-download-nya dari elchem.kaist.ac.kr. Model molekul yang tersedia di situs ini adalah molekul-molekul organik dari yang paling sederhana hingga yang cukup kompleks.
  • Symyx Chime dan Symyx Draw (Platform: Windows dan MacOSX, Linux belum tersedia)

  • Sumber http://blog.goo.ne.jp/
    Kedua aplikasi ini gratis (no fee) siapapun boleh mengunduhnya dan memakainya secara cuma-cuma. Sebelum mengunduhnya diharuskan melakukan registrasi dengan mengisikan beberapa data yang empunya situs perlukan. Sayang untuk platform linux belum tersedia jadi mesti menggunakan Wine agar bisa menjalankannya di linux. Kedua software ini saling melengkapi sehingga kita bisa memanfaatkannya dalam program pengajaran di kelas untuk mata pelajaran kimia.
    Symyx Chime versi 2.6 SP8 berformat zip berukuran 3,9 MB. Chime merupakan plug-in yang secara interaktif menampilkan molekul 2D (dua dimensi) dan 3D (tiga dimensi) langsung di halaman Web. Kita juga dapat memutar, memformat, dan menyimpan molekul untuk digunakan dalam program lain.
    Symyx Draw versi 3.3 berukuran cukup besar dalam format zip (66 MB). Dengan aplikasi ini kita bisa menyisipkan model molekul yang kita buat ke dalam halaman situs, dokumen, spreadsheet maupun presentasi.
  • Kalzium (Platform: Linux)
  •  
    Kalzium adalah nama sebuah software (open source software - OSS) yang memanfaatkan tabel periodik untuk mengeksplorasi setiap unsur. Tapi ternyata tidak sekedar tabel periodik biasa, lebih dari sekedar tabel periodik. Kalzium berasal dari bahasa Jerman dari kata kalsium. Saat ini Kalzium sampai di versi Hidrogen. Untuk diketahui semenjak Kalzium menjadi aplikasi standalone ia versinya akan dinamai dengan urutan nama unsur dalam tabel periodikTentu ini hanya merupakan alternatif dalam penggunaan media pembelajaran. Sampai saat ini Kalzium belum mendukung untuk sitem operasi Windows. Hanya bisa berjalan untuk sistem operasi Linux. Oleh karena itu di sarankan pengguna yang ingin mencobanya sebaiknya meningstall sistem operasi Linux, gratis dan halal. Silahkan pilih distro yang disukai.
  • MarvinSketch (Platform: Windows, Linux, MacOS)
  •  
    Banyak hal yang bisa dimanfaatkan dari MarvinSketch untuk pengajaran kimia. Gambar dan animasi molekul dapat dibuat dengan mudah. Selanjutnya dapat disisipkan dalam media pembelajaran kimia. Tutorial berupa video untuk mengefektifkan MarvinSkecth dapat dilihat atau diunduh dari sini. MarvinSketch adalah software kimia hanya untuk visualisasi rumus struktur kimia yang gratis, bisa dijalankan di sistem operasi Windows dan Linux juga MacOS. Mau mencicipinya silahkan unduh dari web ChemAxon ini.

HyperChem

Program HyperChem, merupakan program kimia aplikasi 32 bit, yang dikembangkan oleh HyperCube Inc untuk system operasi Windows 95/98 dan Windows NT. HyperChem merupakan program yang handal dari pemodelan molekul yang telah diakui mudah digunakan, fleksibel dan berkualitas.Dengan menggunakan visualisasi dan animasi tiga dimensi hasil perhitungan kimia kuantum, mekanika dan dinamika molekular, menjadikan HyperChem terasa sangat mudah digunakan dibandingkan dengan program kimia kuantum yang lain.Program Kimia ini  menyediakan fasilitas pembuatan model tiga dimensi (3D), perhitungan mekanika molekular dan mekanika kuantum (semiempiris dan ab initio). Disamping itu tersedia pula database dan program simulasi Monte Carlo dan molecular dynamics (MD).

Fasilitas yang disediakan oleh program standar ini adalah:
· Input Struktur dan Manipulasi (Structure Input and Manipulation)
· Display Molekul (Molecular Display)
· Kimia Komputasi (Computational Chemistry)
· Metode Komputasi (Computational Methods)

Input Struktur dan Manipulasi
1. Mengambar molekul dengan program ini relatif sederhana.Pilih unsur dari tabel periodik, kemudian di click dan ditarik dengan mouse. Dengan mouse kita dapat mengkontrol rotasi di sekitar ikatan, mengatur stereokimia molekul dan mengubah struktur.
2. Dengan mouse-controlled tools kita dapat melakukan seleksi, rotasi dan translasi serta mengubah ukuran struktur. Setting pada menu harus dimodifikasi untuk mengontrol operasi dari tools.
3. Untuk mengkonversi struktur 2D menjadi struktur 3D dikerjakan dengan HyperChem’s model builder.
4. Penggunaan constraint terhadap struktur relatif mudah.Kita dapat melakukan constraint terhadap panjang ikatan,sudut ikatan, sudut torsi dan juga terhadap atom yangdiinginkan.

Display Molekular (Molecular Display)
· Pilihan rendering : Ball-and-stick, fused CPK spheres dengan pilihan shading and highlighting. Juga vdW dots,cylinders dan overlapping spheres.
· Ribbon rendering untuk protein backbones, dengan pilihan sidechain display.
· 3D Isosurfaces atau  2D contour plots untuk: muatan total,kerapatan muatan, orbital molekul, kerapatan spin,potensial elektrostatik (ESP), ESP dipetakan pada 3D charge density surface.
· Pilihan isosurface rendering: wire mesh, Jorgensen-Salem,transparent dan solid surfaces, Gouraud shaded surface.
· Selama simulasi dapat ditampilkan rerata energi kinetik ,energi potensial, energi total dan parameter molekul seperti panjang ikatan, sudut ikatan, dan sudut torsi.
· Animasi mode vibrasi dari spektra IR

Kimia Komputasi
Dengan HyperChem kita dapat mengeksplorasi model energi permukaan potensial secara klasik atau kuantum dengan single point, optimasi geometri atau perhitungan dalam mencari keadaan transisi. Selain itu kita dapat juga mempelajari pengaruh gerakan termal dengan molecular dynamics, Langevin dynamics atau simulasi Metropolis Monte Carlo.



Jenis Perhitungan
Terdapat beberapa tipe perhitungan, antara lain kalkulasi single point, optimisasi geometri, frekuensi vibrasi,pencarian keadaan transisi, simulasi dinamika molekular,simulasi dinamika Langevin dan simulasi Monte Carlo.
1. Perhitungan single point dapat digunakan untuk menentukan energi molekul dari struktur yang telah
ditentukan (tanpa proses optimasi)
2. Perhitungan optimisasi geometri menggunakan algoritma minimisasi energi untuk mendapatkan struktur paling stabil. Tersedia 5 algoritma minimisasi.
3. Perhitungan frekuensi Vibrational dimaksudkan untuk mencari mode vibrasi normal dari suatu struktur teroptimisasi.Spektrum teroptimisasi dapat ditampilkan dan gerakan vibrasi yang berkaitan dengan transisi spesifik dapat dianimasikan.
4. Pencarian keadaan transisi dilakukan dengan menentukan struktur metastabil yang bersesuaian dengan keadaan transition menggunakan metode Eigenvector Following atau Synchronous Transit. Sifat-sifat molekulernya kemudian dapat dihitung. Dua metode untuk melokasikan keadaan transisi diimplementasikan di dalam HyperChem 5.
a) Metode Eigenvector Following sangat cocok digunakan untuk proses unimolekular atau setiap sistem molecular yang mode vibrasi naturalnya cenderung menuju ke suatu keadaan transition.
b) Metode Synchronous transit khususnya berguna jika reaktan dan produk sangat berbeda. Terdapat dua
metodologi synchronous transit yang diimplementasikan di dalam HyperChem yaitu Linear synchronous Transit(LST) dan Quadratic Synchronous transit (QST).
5. Simulasi Molecular dynamics menghitung trajektori klasik untuk sistem molekular. Waktu pemanasan, keseimbangan dan pendinginan dapat diterapkan dalam simulasi ini dan juga dapat digunakan untuk proses-proses yang bergantung pada perubahan waktu. Simulasi dapat dilakukan pada energi konstan atau tenperatur konstan.
6. Langevin dynamics simulations untuk memodelkan efek tumbukan pelarut tanpa memasukkan secara implisit molekul-molekul pelarut.
7. Simulasi Monte Carlo Metropolis berguna untuk mengeksplorasi konfigurasi yang mungkin dari suatu sistem dalam keadaan keseimbangan dan menentukan sifat sistem yang dinyatakan sebagai harga rata-rata untuk sekuruh system yang sudah berada dalam keadaan keseimbangan.

Gambar 8.2 Menu display dan database pada HyperChem

HyperChem dapat digunakan untuk menentukan beberapa sifat struktur antara lain :

· Stabilitas relatif dari beberapa isomer
· Panas pembentukan
· Energi aktivasi
· Muatan atom
· Beda energi HOMO-LUMO
· Potensial Ionisasi
· Afinitas elektron
· Momen dipol
· Tingkat energi elektronik
· Energi korelasi elektron MP2
· Energi keadaan tereksitasi CI
· Sifat dan struktur keadaan transisi
· Energi interaksi non-bonded
· Spektra serapan UV-VIS
· Spektra Absorpsi IR
· Pengaruh isotop pada vibrasi
· Spektra serapan IR
· Efek Collision pada sifat struktur
· Stabilitas dari kluster Simulasi
· Interaksi Docking
· Pengaruh temperatur pda gerakan molekul
· Pengaruh pelarut pda struktur dan dinamika
· Interaksi intermolekular pada kluster

SIKAP



Semakin lama saya hidup, semakin saya sadar

Akan pengaruh sikap dalam kehidupan

Sikap lebih penting daripada ilmu,

daripada uang, daripada kesempatan,

daripada kegagalan, daripada keberhasilan,

daripada apapun yang mungkin dikatakan

atau dilakukan seseorang.

Sikap lebih penting

daripada penampilan, karunia, atau keahlian.

Hal yang paling menakjubkan adalah

Kita memiliki pilihan untuk menghasilkan

sikap yang kita miliki pada hari itu.

Kita tidak dapat mengubah masa lalu

Kita tidak dapat mengubah tingkah laku orang

Kita tidak dapat mengubah apa yang pasti terjadi

Satu hal yang dapat kita ubah

adalah satu hal yang dapat kita kontrol,

dan itu adalah sikap kita.

Saya semakin yakin bahwa hidup adalah

10 persen dari apa yang sebenarnya terjadi pada diri kita,

dan 90 persen adalah bagaimana sikap kita menghadapinya.
(Ahmad Khozin)

Jumat, 23 Desember 2011

ibu adalah wanita

Wanita cantik melukis kekuatan lewat masalahnya...
Tersenyum di saat tertekan...
Tertawa di saat hati sedang menangis....
Berbakti di saat terhina..
Mempesona karena memaafkan...
Wanita cantik mengasihi tanpa pamrih...Dan bertambah kuat dalam doa dan harapan
...

Rabu, 14 Desember 2011

Ebook kimia komputasi 
A Guide to
Molecular Mechanics and
Quantum Chemical
Calculations
Warren J. Hehre

untuk mendownload mangga wae klik disini
syukron jazakumullah khoeron katsiron

Chemic School v3.5

Chemic School v3.5

adalah software edukasi yang membantu untuk belajar kimia. Dilengkapi dengan tabel periodik, molecular 3-D viewer, kalkulator, tabel konversi, kamus istilah kimia, dan masih banyak lagi...

http://www46.indowebster.com/4e5e43ad6efdba2e5eaa4e265eeab8a4.png


http://www44.indowebster.com/582fdf96908d61dfa6e6dd1489ddbb86.png


http://www43.indowebster.com/536d28a7f2678eeb8ed589be079956c6.png


http://www42.indowebster.com/d10b6547e0c3b29e3e2650c67b69b5ba.png


Untuk cara penggunaan software ini saia kurang tahu, sebab basic saia bukan chemistry :D (http://www.indowebster.com/Chemic_School_v35.html). Mudah-mudahan bisa membantu buat belajar kimia...

Databasenya mudah dibaca dengan notepad... .Jadi kalo ada yg mau mentranslate ke bhs. indonesia (default: denmark) silahkan saja, supaya lebih mudah menggunakannya..

Instalasi: jalankan file cmxsed35.exe, overwrite dengan crack yg disediakan

Download
.:: Hidden Block (you must be registered) ::.
password : INDOWEBSTER
Anda butuh software gratis.... yang bisa didapatkan secara gratis
Suatu aplikasi atau software yang berguna, handal dan gratis pastinya sangat diidam-idamkan semua orang. Apalagi terhadap kategori orang yang suka mungut aplikasi gratisan dari internet seperti yang sering saya lakukan. Senang sekali rasanya jika aplikasi atau software yang kita dapatkan secara gratis tersebut sangat membantu dan berguna. Di dunia internet pastinya banyak tersedia situs-situs penyedia Download Software Gratis apalagi jika kita mencari lewat mesin pencari seperti Google, akan banyak link-link yang dapat kita jadikan acuan untuk mendapatkan Software Gratis.
Namun tidaklah mudah menentukan situs mana yang menjadi acuan kita untuk Download Software Gratis tersebut. Menemukan freeware atau software gratis yang bagus, handal dan berguna tidaklah mudah dibalik jutaan aplikasi komputer yang tersedia di ranah internet. Perlu adanya uji coba atau saran dari orang yang pernah menggunakan link download tersebut sebagai masukan untuk kita sebelum melakukan Download Software Gratis.
Berikut Daftar Situs Download Software Gratis yang mungkin bisa berguna bagi kita semua
1. File Hippo
Situs Download Software Gratis yang sangat simple tampilannya tetapi sarat dengan aplikasi-aplikasi komputer yang berguna. Sangat mudah bagi kita untuk mencari software disini karena telah terbagi dalam beberapa kategori seperti aplikasi audio video, security, office, driver, dll. Situs ini juga menyediakan kategori most popular sehingga kita bisa tahu software mana yang sering di download, selain itu situs ini selalu update dalam memberikan aplikasi komputer gratis.
2. Freeware Zoom
Situs Download Software Gratis yang memiliki tampilan seperti sebuah blog, jadi kita bisa dengan mudah untuk mencari software gratisan disini. Tidak lupa pula dengan kategori yang lengkap untuk memudahkan user mencari berdasarkan kategori.
3. Freewarelist
Kelebihan dari Situs Download Software Gratis ini adalah tersedianya sebuah forum untuk mendiskusikan beberapa aplikasi namun mungkin yang akan mengganggu sedikit adalah pada iklan-iklan yang terdapat pada situs tersebut.
4. Seek Freware
Situs Download Software Gratis berikut sangat memudahkan pengunjung untuk mencari aplikasi karena pembagian kategori yang sangat rinci dan tampilan yang simple berkonsp sebuah blog.
5. Freeware Download
Situs Download Software Gratis berikut tampil dengan model sederhana sehingvga memudahkan pengunjung melakukan pencarian freeware. Penjelasn terhadap aplikasi lebih kepada teknisnya seperti pada kompabilitas sistem operasi untuk aplikasi tersebut.
6. Snapfiles
Situs Download Software Gratis yang termasuk favourit dikarenakan kelengkapan freeware yang dimilikinya dan review dari aplikasi tersebut menjadikannya sebagai urutan teratas bagi para pemungut aplikasi gratisan untuk mencari aplikasi komputer gratis.
7. Freeware Files
Situs Download Software Gratis yang juga bisa dibilang lengkap dalam menyajikan koleksi freeware dan review-review tentang aplikasinya. Bisa dibilang ini merupakan surganya bagi pencari software gratisan di internet.
8. Only Freeware
Situs Download Software Gratis membagi aplikasi freeware nya dalam beberapa kategori dan cukup lengkap dalam penyajiannya, ditambah dengan kategori most popular, most download, dan newest freeware sehingga pengunjung bisa dengan mudah melakukan download freeware.
Situs-situs penyedia layanan Download Software Gratis pastinya banyak jika kita ingin melakukan pencarian di mesin pencari, link situs Download Software Gratis diatas hanyalah sebagian kecil namun mungkin dapat berguna dan membantu bagi kita semua khususnya bagi pencinta aplikasi komputer gratisan dari internet.

9. duniadownload .com
mengkoleksi ebook-ebook gratis, duniadownload juga mengkoleksi daftar link referensi download kumpulan software-software freeware. Setidaknya duniadownlaod ingin sedikit ambil bagian dalam memasyarakatkan penggunaan software-software freeware sebagai alternatif untuk "mengurangi" kegiatan pembajakan software yang sudah terlalu menjamur di masyarakat.

Spartan 10

Spartan 10, Software Kimia Komputasi
Urip
 
Softaware kimia komputasi sangat banyak macam dan kegunaannya. Selama ini saya hanya menggunakan sebatas untuk pengajaran saya di kelas. Yang paling sering adalah untuk mengambar stuktur senyawa untuk memberikan gambaran sedikit lebih nyata dibandingkan hanya berbicara atau sambil mengimajinasikan di otak saja. Siswa yang belum menemukan bayangan imaginasinya tentu akan kesulitan memahami konsep kimia yang saya ajarkan.
Tujuan utama berbagai software kimia komputasi adalah untuk melakukan penelitian terkait kimia teori yang menunjang kimia eksperimen. Hanya saja untuk mendapatkannya harus membayar lisensi yang terbilang tidak murah. Kalau menggunakan software yang bajakan tentu hal ini melanggar etika dan bisa saja dikenai sangsi. Meskipun demikian kalau untuk pembelajaran sering kali kita masih bisa memanfaatkannya dengan berbagai keterbatasan.
Seolah berlomba melakukan revisi, modifikasi, serta peningkatan kemampuan dan daya dukung dengan berbagai perangkat keras untuk memenuhi tuntutan akurasi dan kekomplekan komputasi dalam sistem kimia. Seperti pada Spartan 10 ini. Kita bisa melihat fiturnya antara lain Spartan 10 memberikan dorongan kinerja dan banyak fitur baru dengan tetap menjaga kemudahan penggunaan Spartan yang tak tertandingi. Spartan memfasilitasi berbagai tugas kimia komputasi, termasuk pencarian konformasi, struktur, energi, sifat spektrum, dan mengukur kesamaan molekul 3-D.
Selengkapnya fitur Spartan 10:
  • Peningkatan Kinerja – Spartan’10 mendukung chipset I7 baru dari Intel, dalam praktek ini akan memperluas fungsi paralel dengan core memory 8-shared, secara signifikan ini meningkatkan fungsionalitas Paralel Spartan.
  • Tampilan diagram Energi Orbital
  • potensial permukaan hidrida untuk menjelajahi selektivitas nukleofilik
  • Extension of T1 thermochemical recipe untuk silikon dan fosfor
  • Fitur Permukaan clipping memungkinkan visualisasi dalam model grafis terhitung
  • Peningkatan struktur database dan pilihan pencarian reaksi
  • Peningkatan kemampuan pencarian spektrum inframerah
  • Tutorial, masalah, dan Wikipedia dapat diakses dari dalam Spartan
  • Sifat molekul dan atom yang diperluas dan deskriptor HKSA (Hubungan kuantitatif struktur-aktivitas)
  • Perhitungan dan tampilan spektrum Raman
  • Pilihan tampilan spektrum NMR termasuk DEPT, HSQC, dan HMBC
  • Peningkatan akurasi pergeseran kimia 13C NMR
  • Data mining, analisis statistik dan plotting
  • Akses ke Sparta Spectra dan Database sifat spektra IR dan NMR, sifat molekul dan atom dan deskriptor HKSA
  • Tab berbasis visualisasi pilihan untuk membuka file yang beragam; kustomisasi Toolbar untuk ikon
  • Pengimplementasian Paralel frekuensi HF (Hartree Fock) dan DFT (density functional theory) dan metode RI-MP2
  • Pengimplementasian penuh untuk sistem komputer 64 bit.
Hehehe jadi ingat waktu menjalankan aplikasi berbasis sistem 32 bit dengan RAM yang seharusnya 4 GB kok terdeteksi hanya 3,2 GB, lah yah jelas karena sistem 32 bit tidak support kapasitas rak segitu.
Dari web penyedia software Spartan ini kita juga bisa mengunduh buku gratis tentang kimia komputasi, A Guide to Molecular Mechanics and Quantum Chemical Calculations by: W.J. Hehre. Buku ini berjumlah 812 halaman yang kalau beli buku aslinya seharaga $ 75.
Versi demo-nya bisa di download dari sini. Isikan form yang tersedia untuk mengunduhnya.

Software Aplikasi Pengaya Konsep Kimia dalam Linux

Arah pengajaran mapel IPA SMA dan mata kuliah pada umumnya di Indonesia menuju pada pemaksaan siswa mendapatkan nilai instan (nilai kognitif) yang menjadi indikator keberhasilan guru menyampaikan materi. Hal ini lebih terlihat untuk kelas XII IPA SMA. Hari-hari mereka dijejali dengan soal-soal latihan agar kelak lulus ujian nasional dengan nilai setinggi mungkin.
Memang tidak bisa dipungkiri bahwa nilai kognitif adalah parameter paling mudah untuk mengevaluasi atau melihat keberhasilan guru menyampaikan materi, lebih tepatnya melihat tingat penyerapan oleh siswa terhadap konsep/materi pelajaran yang disampaikan guru. Tetapi untuk jangka panjang sungguh arah ini sangat mengkhawatirkan, salah satu efek dominonya adalah tidak munculnya daya inkuiri pada siswa untuk mengeksplorasi konsep sehingga mendapatkan sesuatu yang lebih dari apa yang ada dalam buku dan apa-apa yang disampaikan oleh guru di dalam kelas.
Barangkali perlu diatur proporsinya, minimal untuk mengurangi kebengkokan arah ideal pengajaran IPA untuk siswa, untuk siswa kelas X dan XI diberi pengajaran IPA yang mampu menguatkan daya inkuiri siswa sedangkan kelas XII diberi pengajaran IPA untuk mencapai target nilai kognitif yang diinginkan. Cara ini memang sangat menyederhanakan persoalan arah bengkok pendidikan, tetapi paling tidak dapat meluruskan 2/3 ke arah yang lebih baik.
Peningkatan daya inkuiri memang tidak bisa lepas dari aktivitas laboratorium atau eksperimen, berarti terbayang dalam kita laboratorium yang lengkap yang berarti ‘dana yang besar’. Suatu hal yang sangat mengerikan untuk ukuran ekonomi Indonesia yang carut-marut adalah memenuhi anggaran pendidikan 20% untuk peningkatan kualitas pendidikan. Tetapi keterbatasan bukanlah alasan untuk tidak berkreasi dalam variasi metode pengajaran IPA. Banyak metode alternatif yang bisa digunakan sebagai pendamping atau pengganti metode konvensional yang tidak bisa dilepaskan.
Sebagai contoh untuk pengajaran mata pelajaran kimia, guru dapat berkreasi dalam variasi metode pengajaran dengan menggunakan software aplikasi kimia yang banyak sekali dan mudah didapatkan melalui jaringan internet. Di sini guru mesti dengan arif mencari dan memakai software aplikasi tersebut sesuai dengan materi pelajaran. Guru menggunakan software-software tertentu untuk materi pelajaran tertentu atau materi-materi pelajaran tertentu menggunakan software-software tertentu.
Untuk software aplikasi kimia akan dengan mudah didapatkan apabila guru mampu menggunakan sistem operasi linux, khususnya Ubuntu atau Blankon. Di situ telah tersedia software-sofware aplikasi kimia yang sesuai dan dapat digunakan untuk pengajaran. Di sinilah pentingnya guru yang kreatif dan mau mengaktualisasi diri dengan selalu belajar dan mencari metode kreatif alternatif tanpa selalu ‘merengek’ karena tidak ada dana. Dengan sedikit belajar Linux, katakanlah satu-dua minggu, insya Allah guru akan mampu menguasai operasional linux.
Kenapa sih mesti lebih baik menggunakan linux dan aplikasinya? Banyak pertanyaan yang diajukan terkait dengan linux, umumnya seperti itu. Banyak manfaat yang dapat kita peroleh jika kita menggunakan linux, yaitu 1) OS (Operating System) Linux adalah ‘opensourse’ yang dikembangkan oleh masyarakat dunia untuk kepentingan bersama, bersifat ‘free software’ walau ada versi komersialnya, logikanya dengan menggunakan linux kita banyak menghemat biaya, 2) Linux merupakan software legal, 3) Banyak sekali aplikasi yang dapat dijalankan di linux yang dikembangkan oleh komunitas pengembang aplikasi, lebih dikenal dengan istilah ‘Free Open Souce Software’, 4) Mendidik masyarakat menghargai hasil karya orang lain dengan tidak menggunakan software bajakan, insya Allah barokah, 5) Terbukti mampu membangkitkan karya-karya mandiri dengan munculnya para pengembang linux dan aplikasinya. Masih banyak manfaat lain yang menyertainya.
Bagi yang ingin belajar Linux, silahkan download Linux dan software aplikasi kimia di laman berikut: http://kimia.unnes.ac.id/kasmui. Pilih menu Download.

SINERGI KIMIA KOMPUTASI TERHADAP RISET KIMIA

Dengan desain obat merupakan proses iteratif yang dimulai dengan senyawa yang menjukkan sifat aktif biologis yang penting dan diakhiri dengan mengoptimasi baik profil aktivitas molekul maupun sintesis kimianya. Proses ini dapat berjalan jika kimiawan menghipotesiskan suatu kaitan struktur kimia dengan suatu molekul dengan aktivitas biologisnya. Tanpa pengetahuan yang rinci tentang proses biokimia maka hipotesis akan diambil berdasar kemiripan strukutur serta perbedaan molekul aktif dan tak aktif. Alternatif untuk dapat mengoptimasi senyawa dalam molekul diskriptor yang dpat diprediksi sifatnya secara mudah maka digunakan komputasi untuk menujukkan tentang sifat tersebut yang digunakan untuk menujukkan sintesis kimia untuk senyawa yang berdaya guna.

Membuat sebuah ide menjadi kenyataan memang membutuhkan sebuah pengorbanan dan biaya yang juga tidak sedikit. Salah satunya adalah jika kita akan membuat obat dari suatu senyawa kimia membutuhkan biaya sekitar US$ 800 juta ( DiMasi dkk, 2003 ). Biaya yang sangat besar, apalagi jika dikaitkan dengan kemampuan ekonomi sebuah negara berkembang seperti Indonesia. Strategi yang efektif dan efisien secara ekonomi sangat diperlukan untuk membuat Indonesia juga ikut diperhatikan dalam penemuan obat-obatan.

Salah satu cara yang dapat digunakan adalah dengan menggunakan komputer sebagai alat bantu dalam penemuan obat. Kemampuan komputasi yang meningkat secara eksponensial merupakan peluang untuk mengembangkan simulasi dan kalkulasi dalam merancang obat. Komputer memberikan metode in silico sebagai komplemen metode in vitro dan in vivo yang biasa digunakan dalam proses penemuan obat. Terminologi in silico, analog dari in vitro dan in vivo, merujuk pada pemanfaatan komputer dalam studi penemuan obat.

Alasan menariknya menggunakan komputer adalah efisiensi biaya. Dengan adanya sebuah komputer yang dilengkapi dengan aplikasi atau software kimia komputasi yang mendukung, oleh ahli kimia komputasi medisinal yang berpengalaman dapat memperlihatkan suatu senyawa secara tiga dimensi ( 3D ) dan melakukan komparasi dengan senyawa-senyawa lain yang sudah diketahui memiliki aktivitas tinggi. Berdasarkan komparasi 3D yang dilengkapi dengan perhitungan similaritas dan energi dapat memberikan gambaran bagian-bagian dan gugus-gugus potensial yang dapat dikembangkan dari senyawa dalam kurkumin. Kemudian berbagai senyawa turunan dan analog disintesis secara in silico atau digambar sesuai persyaratan aplikasi komputer yang digunakan yang untuk selanjutnya disebut senyawa hipotetik.

Pengaruh ukuran molekul pada aktivitas kurkumin dan turunannya sebagai inhibitor glutation S-transferase ( GST ). Hubungan kuantitatif struktur-aktivitas ( HKSA ) kurkumin dan turunannya sebagai inhibitor glutation S-transferase ( GST ) pernah diteliti dengan menggunakan muatan bersih atom sebagai prediktor, namun pengaruh ukuran molekul tidak diperhitungkan dalam penelitian tersebut. Ukuran molekul erat kaitannya dengan parameter sterik ( Es ) yang merupakan salah satu parameter pada analisis HKSA metode Hansch. Meski demikian, fleksibilitas perubahan konformasi molekul obat dan molekul reseptor juga turut berperan dalam kemampuan penetrasi molekul ke sisi aktif enzim. Oleh karena itu, perlu diteliti pengaruh ukuran molekul pada aktivitas kurkumin dan turunannya sebagai inhibitor GST.

Tujuan penelitian ini adalah mengetahui pengaruh ukuran molekul pada aktivitas senyawa-senyawa turunan kurkumin sebagai inhibitor GST. Penelitian ini menggunakan ukuran molekul berupa luas permukaan molekul dan volume molekul yang didapat dengan menggunakan pendekatan kimia komputasi sebagai variabel bebas, dan konsentrasi inhibitor ( kurkumin dan turunannya ) yang menghasilkan 50 % penghambatan aktivitas GST ( IC50 ) sebagai variabel tergantung.
Ukuran molekul sebagai representasi parameter sterik ( Es ) relatif tidak berpengaruh pada aktivitas kurkumin dan turunannya sebagai inhibitor GST dibandingkan dengan parameter elektronik. Hubungan antara ukuran molekul kurkumin dan turunannya dengan aktivitasnya sebagai inhibitor GST cenderung kuadratik. Kurkumin dan turunannya optimal sebagai inhibitor GST pada senyawa yang memiliki luas permukaan molekul antara 410 - 460 Å2 dan atau memiliki volume molekul antara 350 - 400 Å3.

Dalam hal ini komputer membantu untuk mereduksi jumlah senyawa yang diusulkan secara rasional dan diharapkan lebih efektif serta membantu mempelajari interaksi obat dengan targetnya, bahkan kemungkinan sifat toksis senyawa tersebut dan metabolitnya. Dalam waktu satu tahun, Indonesia harus mengimpor alat untuk elusidasi struktur yang sangat jarang dan andaikan ada pun sering tidak dalam kondisi dapat digunakan. Alat itupun rata-rata hanya mampu melaporkan sintesis 3 senyawa sederhana. Sehingga peran komputer dalam hal ini bagi negara berkembang, khususnya di Indonesia dapat dioptimalkan.

Ada dua metode dalam kimia komputasi yang saling melengkapi dalam penggunaan komputer sebagai alat bantu penemuan obat, yaitu:
a. Berdasarkan senyawa yang diketahui berikatan dengan target atau biasa disebut ligan, ligand-based drug designi ( LBDD ). LBDD memanfaatkan informasi sifat fisikokimia senyawa-senyawa aktif sebagai landasan mendesain senyawa baru. Tiga metode LBDD yang lazim digunakan adalah pharmacophore discovery dan hubungan kuantitatif struktur-aktivitas atau quantative structure-activity relationship ( HKSA atau QSAR ), dan docking studies. Pharmacophore discovery yaitu metode mencari kesamaan sifat fisikokimia, antara lain sifat elektronik, hidrofobik dan sterik dari senyawa-senyawa yang dilaporkan aktif kemudian dibangun suatu bagian 3D yang menggabungkan sifat gugus-gugus maupun bagian senyawa yang diduga bertangung jawab terhadap aktivitasnya ( pharmacophore ). Adapun QSAR memadukan statistika dengan sifat fisikokimia senyawa yang dapat dikalkulasi dengan bantuan komputer guna menurunkan suatu persamaan yang dapat digunakan memprediksi aktivitas suatu senyawa. Jika persamaan QSAR telah dihasilkan maka kita dapat mendesain suatu senyawa dengan aktivitas tertentu dan memberikan prediksi tersebut pada ilmuwan sintesis untuk mensintesis senyawa tersebut.
b. Berdasarkan struktur target baik baik berupa enzim maupun reseptor yang bertanggung jawab atas toksisitas dan aktivitas suatu senyawa di dalam tubuh atau rancangan obat berdasarkan struktur target, structure-based drug design ( SBDD ). Struktur protein target dapat dimodelkan dari data yang diperoleh struktur kristalnya maupun hasil analisis nuclear magnetic resonance ( NMR ) maupun data genomic ( bioinformatics ). SBDD memanfaatkan informasi dari struktur protein target guna mencari sisi aktif protein yang berikatan dengan senyawa. Berdasarkan prediksi sisi aktif dapat dirancang senyawa yang diharapkan berikatan dengan protein target tersebut dan memiliki aktivitas biologis.

Dengan memanfaatan informasi dari struktur target maupun sifat fisikokimia ligan dapat dilakukan skrining uji interaksi senyawa-senyawa yang diketahui aktif ( ligan ) pada prediksi sisi aktif protein. Berdasarkan informasi yang diperoleh dirancang senyawa baru yang diharapkan lebih baik dari senyawa-senyawa yang ada. Hal ini juga digunakan untuk studi interaksi ligan dengan protein targetnya. Salah satu kelemahan docking studies untuk studi interaksi adalah asumsi struktur protein yang kaku, yang tidak memfasilitasi efek induced-fit dari interaksi protein dengan ligannya. Fleksibilitas protein dan interaksinya dengan suatu senyawa dapat dianalisis dengan mengaplikasikan Molecular Dynamics ( MD ), simulasi yang melihat perubahan struktur suatu senyawa terhadap waktu berdasarkan parameter-parameter tertentu.

Permasalahan utama untuk pemanfaatan komputer ini adalah keberadaan aplikasi kimia komputasi yang memadai dan lengkap. Salah satu aplikasi kimia komputasi yang cukup memadai untuk penemuan obat adalah Molecular Operating Environment ( MOE ) yang dikembangkan Chemical Computing Group. MOE selain menawarkan fasilitas yang cukup lengkap juga user-friendly sehingga cocok digunakan dalam pembelajaran. Hanya saja aplikasi kimia komputasi yang user-friendly biasanya mahal sehingga alasan efisiensi biaya tidak lagi relevan. Sebagai informasi, biaya lisensi untuk penggunaan akademis ( non komersial ) sekitar US$ 2000 pertahun. Namun demikian di era keterbukaan ini semakin banyak aplikasi-aplikasi kimia komputasi berbasis open source maupun yang menawarkan free academic license ( Geldenhuys dkk., 2006 ). Hanya saja aplikasi-aplikasi tersebut seringkali tidak user-friendly dan untuk memanfaatkannya dibutuhkan kemampuan komputer yang lebih bagus, seperti menguasai LINUX-based operating system dan command line editor bawaan masing-masing aplikasi. Selain tidak user-friendly, aplikasi-aplikasi tersebut seringkali fokus pada satu topik sehingga tidak cukup lengkap digunakan secara komprehensif.

Dengan berbagai data sintesis dan uji aktivitas yang telah dilakukan banyak peneliti yang telah dipublikasikan baik di Indonesia maupun internasional serta data struktur protein yang dapat mudah diakses, berpartisipasi dalam penemuan obat secara efektif dan efisien dengan memanfaatkan CADD merupakan salah satu peluang yang layak dipertimbangkan untuk ditekuni lebih lanjut.


sumber : http://tegarsulistyo.blogspot.com/2009/05/sinergi-kimia-komputasi-terhadap-riset.html
Daftar Pustaka
DiMasi, J.A., et al (2003) The price of innovation: new estimates of drug development costs. J. Health. Econ., 22, 151-185
Geldenhuys, W,J., et al (2006) Optimizing the use of open-source software applications in drug discovery. DDT, 11 (3/4), 127-132
Pranowo, Harno .D, 2004, Kimia Komputasi, Pusat Kimia Komputasi Indonesia- Austria UGM : Yogyakarta

HARNO DWI PRANOWO JADI GURU BESAR : Kimia Komputasi, Persingkat Penemuan Obat


Jon/Asp
 
Proses mendesain obat baru dan mengedarkannya ke masyarakat merupakan proses panjang dan kompleks yang dapat memakan waktu bertahun-tahun (5-7 tahun) dan biaya tidak sedikit (50-100 juta dolar AS). Hal ini menjadi tantangan bagi peneliti untuk menghasilkan strategi dan upaya efektif dan ekonomis untuk penemuan obat baru. Salah satu strategi yang banyak dikembangkan untuk desain molekul obat baru adalah pemanfaatan metode kimia komputasi (computational chemistry).
Strategi penemuan obat dengan metode komputasi ini diungkapkan Prof Dr Harno Dwi Pranowo MSi dalam pidato pengukuhannya sebagai guru besar pada Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam (FMIPA) UGM di Balai Senat, Selasa (10/2). Dalam pidato di hadapan majelis guru besar UGM, tampak pula sejumlah diplomat Austria serta pengajar FMIPA dan rekan. "Dengan metode ini, selain waktu bisa dipersingkat, juga biaya bisa ditekan," ujar-nya.
Menurut Prof Harno, metode in vitro dan in vivo lazim digunakan dalam proses penemuan obat. Komputer menawarkan metode in silico, -suatu metode yang menggunakan kemampuan komputer dalam rancang obat- sebagai komplemen dari in vitro dan in vivo. Kemampuan komputasi yang meningkat secara eksponensial merupakan peluang mengembangkan simulasi dan kalkulasi dalam merancang obat baru.
Diungkapkan, desain obat merupakan proses iterasi dimulai dengan penentuan senyawa yang menunjukkan sifat biologi penting dan diakhiri dengan langkah optimasi, baik dari profil aktivitas maupun sintesis senyawa kimia. Tanpa pengetahuan lengkap tentang proses biokimia yang bertanggung jawab terhadap aktivitas biologis, hipotesis desain obat pada umumnya didasarkan pada pengujian kemiripan struktural dan pembedaan antara molekul aktif dan tak aktif. Kombinasi antara strategi mensintesis dan uji aktivitasnya menjadi sangat rumit dan memerlukan waktu yang lama untuk sampai pada pemanfaatan obat. Dengan kemajuan di bidang kimia komputasi, peneliti dapat menggunakan komputer untuk mengoptimasi aktivitas, geometri dan reaktivitas, sebelum senyawa disintesis secara eksperimental. Hal ini dapat menghindarkan langkah sintesis suatu senyawa yang membutuhkan waktu dan biaya mahal, tetapi senyawa baru tersebut tidak memiliki aktivitas seperti yang diharapkan.
Keberadaan komputer yang dilengkapi dengan aplikasi kimia komputasi, memungkinkan ahli kimia komputasi medisinal menggambarkan senyawa obat secara tiga dimensi (3D) dan melakukan komparasi atas dasar kemiripan dan energi dengan senyawa lain yang sudah diketahui memiliki aktivitas tinggi (pharmacophore query). Berbagai senyawa turunan dan analog dapat ‘disintesis’ secara in silico atau yang sering disebut senyawa hipotetik. Aplikasi komputer melakukan kajian interaksi antara senyawa hipotetik dengan reseptor yang diketahui data struktur 3D secara in silico.
Sumber : Kedaulatan Rakyat (11 Februari 2009)

Kimia Komputasi dalam Pengembangan Obat

Metode kimia komputasi untuk tujuan disain molekul baru, tetutama senyawa obat, serta prediksi sifat fisiko-kimia telah menjadi metode pilihan utama sebagian besar industri farmasi berkaitan dengan pengembangan maupun penemuan obat. Aplikasi metode yang juga disebut in silico ini, berawal dari postulat dasar dalam paradigma disain obat klasik yang menyatakan bahwa efek obat dalam tubuh manusia merupakan suatu konsekuensi “molecular recognition” antara ligan (dalam hal ini obatdan sutau makromolekul (target).
Aktivitas farmakologi ligan terhadap dudukan kerjanya (action site) sangat ditentukan oleh tatanan ruang dan kerapatan elektron atom-atom ligan, dan juga bagaimana atom-atom tersebut berinteraksi dengan molekul target atau “biological conterpart” (Bohm & Klebe, 1996). Struktur, dinamika, dan interaksi demikian memungkinkan suatu karakterisasi menggunakan kimia komputasi dilakukan. Misalnya, pendekatan berbasis mekanika molekular (molecular mechanics) secara efisien dapat membantu penemuan kandidat-kandidat obat baru, dan metode komputasi yang tidak mahal ini sekarang secara rutin digunakan di dalam disain obat (Jorgensen, 2004).
Meskipun demikian, jika deskripsi sifat elektron yang diperlukan untuk tujuan disain tersebut, maka penggunaan mekanika kuantum sangat beperan. Sesungguhnya pendekatan kimia komputasi berbasis mekanika kuantum selain menjelaskan efek elektronik kuantum, juga mampu menjelaskan pembentukan dan pemutusan ikatan kimia, efek polarisai, perpindahan muatan, dst., biasanya mampu memperkirakan energi molekul lebih akurat (Cavali et al., 2006). Aplikasi mekanika kuantum berbasis ligan di dalam disain obat sejak dahulu telah diarahkan dalam pengamatan energi, geometri, dan distribusi elektron (misalnya HOMO, LUMO, momen dipol, dst.) molekul organik kecil. Perhitungan mekanika kuantum secara rutin telah juga dilakukan dalam analisis QSAR (Quantitative-Structure Activity Relationship) klasik (Lepp & Chuman, 2005), QSAR 3D (Aguirre et al., 2005) dan juga mengembangkan deskriptor kuantum (Wan et al., 2004) untuk digunakan dalam penelitian korelasi struktur-aktivitas.
Hal menarik dalam penggunaan kimiakomputasi berkaitan dengan molekul target di dalam disain obat adalah telaah analisis reaksi enzimatik dalam sistem biologis yang memiliki relevansi farmakologi (Gogonea et al., 2001), simulasi ini memungkinkan menjelaskan mekanisme substrat (inhibitor)-enzim dan lebih lanjut terhadap interaksi substrat enzim pada keadaan transisi melalui analisis energi ikat (binding energy).

Pustaka
Bohm, H.J. & G. Klebe. 2004. Angew. Chem. Int. Ed. 35, 2589.
Jorgensen, W.L. 2004. Science. 303, 1813.
Cavalli, A., P. Carloni, & M. Recanatini. 2006. Chem. Rev. 106,3467.
Lepp, Z. & H. Chuman. 2005. Bioorg. Med. Chem. 13, 3093.

Sabtu, 03 Desember 2011

Membuat Linux Live USB Dengan Linux Live USB Creator

Membuat Linux Live USB Dengan Linux Live USB Creator

Dengan semakin banyak dan berkembangnya Sistem Operasi Linux, terutama banyaknya distro Linux gratis yang bisa kita gunakan seperti Ubuntu, Kubuntu, Fedora, PCLinuxOS dan lainnya, mungkin membuat sebagian yang belum pernah mencoba penasaran. Bagi pengguna Windows, ada alternatif untuk mencoba tanpa harus install di komputer, dengan menggunakan USB Flashdisksaja.
Sebelumnya saya juga pernah mengulas tentang Membuat Bootable Linux dalam USB Flashdisk dengan software UNetBootin. Kini ada alternatif software lain yang lebih mudah dan juga mempunyai beberapa kelabihan lain, yaitu Linux Live USB Creator ( disingkat LiLi ).
Linux Live USB Creator mendukung berbagai distro Linux, selengkapnya bisa dilihat di Supportes Linuxes. Selain bisa membuat bootable USB Linux, dengan Lili ini, kita juga bisa membuat Linux langsung berjalan di windows tanpa harus booting. Dibanding UNetBootin, penggunaannya juga lebih mudah.

5 Langkah Mudah

Untuk membuat Bootable Linux dalam USB, software ini memberikan 5 langkah mudah. Ketika menjalankan pertama kali, langsung tampil ke-5 langkah ini dengan penjelasan yang mudah diikuti. Berikut tampilan awal program ini : 

Penjelasan Langkah-langkahnya sebagai berikut:
  1. Pilih USB Flashdisk yang akan di isi dengan Linux, USB harus dengan Format FAT atau FAT32. Jika USB sudah FAT atau FAT32, kita tidak perlu mem-formatnya.
  2. Langkah ini adalah memilih sumber distro Linux, bisa dari CD-ROM, file ISO yang sudah ada di hardisk atau jika kita punya koneksi internet yang cepat, pilih Download (langsung download dari internet)
  3. PERSISTENCE, merupakan pengaturan besarnya space USB yang akan digunakan untuk menyimpan data, konfigurasi yang kita ubah atau jika kita nanti ingin menginstall software tambahan di linux USB ini. Jika ini tidak di isi ( 0 MB), maka Linux di USB tetap bisa dijalankan, tetapi perubahan data di linux tidak akan tersimpan. Serta kita tidak bisa menyimpan data di linux dan menginstall software tambahan lain.
  4. Langkah 4 ini ada 3 pilihan : yang pertama apakah file-file yang diuat akan di sembunyikan (hidden), kedua apakah USB akan di format ( semua data akan hilang) dan ketiga untuk membuat versi portable di windows (perlu koneksi internet)
  5. Langkah terkhir adalah CREATE, klik icon halilintar warna kuning untuk mulai proses pembuatan. Sebelumnya kita bisa mengatur opsi tambahan dengan klik tombol OPTIONS
Setelah langkah 5 selesai, maka USB kita sudah berisi Linux dan siap kita coba. Restart komputer dan atur BIOS agar booting pertama kali membaca USB Flashdisk. Di rekomendasikan memasang USB di port komputer bagian belakang.

Penjelasan tentang PERSISTENCE

Dengan adanya fitur Persistence, setelah kita booting dan menjalankan linux, maka segala perubahan (setting) atau penambahan file bisa tersimpan di USB. Kita juga bisa menginstall software di linux dan software ini akan tersimpan meski kita restart komputer atau booting ulang.
Jika Persistence ini di isi 0 MB, maka perubahan setting atau data di linux (misalnya mengubah theme/tampilan, wallpaper dsb) akan hilang ketika kita menjalankan ulang Linux di USB. Dan sampai artikel ini ditulis, jika kita menjalankan Linux USB ini secara langsung dari windows ( dengan VirtualBox ), maka fitur Persistence belum bekerja.

Membuat Versi Portable di windows

Di langkah ke 4 terdapat pilihan untuk membuat Linux bisa langsung dijalankan di windows tanpa harus booting. Tetapi jika ini dipilih, installasi akan memerlukan koneksi internet untuk download software tambahan, yaitu VirtualBox ( besarnya sekitar 68 MB). Dengan koneksi yang terbatas, tentu ini akan merepotkan, apalagi jika belum selesai tetapi proses pembuatan gagal di tengah jalan.
Alternatifnya, jika ingin membuat versi Windows, kita bisa download VirtualBox secara terpisah dari link ini. Selanjutnya Extract (atau buka virtual box) dan letakkan semuanya di USB yang sudah berisi linux yang sudah dibuat.
Setelah di extract ke USB akan ada folder bernama VirtualBox. Selanjutnya kita tinggal membuka folder ini dan menjalankan file Virtualize_This_Key.exe.


sumber : http://gerakanopensource.wordpress.com/2011/08/05/membuat-linux-live-usb-dengan-linux-live-usb-creator/
Download Linux Live USB Creator.